Gdy w roku 1548 umarł Zygmunt Stary, Gdańsk, w którym król tak brutalnie stłumił rewolucję społeczną i religijną, odetchnął z ulgą. Już od dłuższego czasu luteranizm w mieście był powszechny. Od 1529 r. w Kościele Mariackim odprawiano, w bocznej nawie, nabożeństwa luterańskie. Katolików w mieście prawie nie było. Gdy zaś na tronie zasiadł młody Zygmunt August, myślący znacznie nowocześniej od ojca, pojawiła się nadzieja na tolerancję religijną. Król miał protestantów w swoim otoczeniu. Tyle, że był niezdecydowany – nie bez przyczyny nadano mu przydomek „Dojutrek”.
Gdy Zygmunt August rozpoczął wojnę o Inflanty, potrzebował pieniędzy. Największe miasta hanzeatyckie – Gdańsk, Toruń i Elbląg – wyczuły szansę. Zaoferowały królowi znaczne sumy bezzwrotne i jeszcze większe pożyczki na wojnę, ale w zamian poprosiły o łaskę: chciały dostać swobody religijne. Zapłacili i w latach 1557/58 Gdańsk, Toruń i Elbląg otrzymały swobodę wyznawania religii. Zawzięty wróg reformacji, biskup Stanisław Hozjusz, nie złapał króla za rękę, bo był w Trydencie na soborze. Wojewodami pomorskim i malborskim też byli już protestanci.
W Gdańsku drugiej połowy XVI w. nawet rody, które w latach dwudziestych wykorzystywały swój katolicyzm, aby przekonać króla do przywrócenia im władzy w mieście, zmieniły wyznanie. Przedstawiciele młodego pokolenia, wykształceni w Niemczech, woleli nową religię. W roku 1568 kwartet burmistrzów tworzyli: Johann Brandes, Konstantyn Ferber, Johann Proite i Georg Kleefeld. Konstantyn Ferber był najmłodszym synem znanego z poprzednio opisanych wydarzeń Eberharda: ojciec deklarował wierność papieżowi, syn założył i finansował w Gdańsku Partykularz, pierwszą wyższą szkołę protestancką na terenie Polski. Gdańsk był bogaty swoim patrycjatem i było go stać na wiele. Był też ważny dla Zygmunta Augusta. Król spoglądał ku morzu. „Było i na oceanie znaczne jego panowanie, bo i tam chciał być ogromnym nieprzyjaciołom koronnym” – napisze po śmierci króla w poemacie „August Jagiełło wzbudzony” Stanisław Grochowski. Zygmunt August chciał mieć flotę, walczył wszak ze Szwecją o Inflanty, a bez sił morskich szanse na zwycięstwo wyglądały kiepsko.
24 marca 1568 r. król powołał komisję morską. Na jej czele stanął Jan Kostka, kasztelan gdański i sekretarz królewski, pełniący też inne funkcje. Skład komisji był ciekawy: dwaj jeszcze przedstawiciele króla – starosta Krzysztof Konarski i komornik Andrzej Swarożyński; niechętny Gdańskowi, a znający się na morzu zakonnik Kaspar Geschkau, wkrótce już opat klasztoru w Oliwie i jedyny gdańszczanin, Walenty Überfeld, sekretarz miejski oraz królewski inspektor lasów. Do tego dwaj cudzoziemcy: bracia Jan i Stefan Loitzowie, szczecińscy bankierzy. Król nie ufał gdańskim bogaczom i wolał, aby finansami komisji kierowali Pomorzanie, u których zresztą był zadłużony. Komisji nadał pełny immunitet wobec gdańskich władz miasta. Jej uprawnienia określono dość ogólnie, ale głównym zadaniem miało być tworzenie i nadzorowanie floty królewskiej: najpierw kaperskiej, a potem regularnej wojennej. Finansować działalność komisji miały pieniądze z królewszczyzn, a także – o czym było ciszej – pożyczki od Loitzów.
Kaprowie byli właścicielami okrętów, którzy prowadzili na własną rękę działania wojenne na podstawie listu kaperskiego, wydawanego przez władcę po zaprzysiężeniu wierności kapra królowi. Patent zapewniał ochronę prawną, prawo do bandery królewskiej, do łupienia na morzu wrogich statków (albo mniej wrogich) i do zachowania dla siebie zdecydowanej większości łupu. Część królewska była nieco większa, jeśli król w biznes kapra zainwestował swoje pieniądze. Kaprowie działali i walczyli na morzu zarówno w okresie wojny, jak i pokoju: walka zbrojna o dominację handlową niekoniecznie przenosiła się na ląd. Z królów polskich jako pierwszy skorzystał z usług kaprów Kazimierz Jagiellończyk i świetnie na tym wyszedł. 15 września 1463 r. kaperska flota elbląsko-gdańska w bitwie na Zalewie Wiślanym doszczętnie rozniosła większą i silniejszą flotę krzyżacką, topiąc lub zdobywając wszystkie okręty. Zakon został odcięty od dostaw drogą morską z Niemiec, co wkrótce dało królowi zwycięstwo w wojnie trzynastoletniej. Zygmunt August o tym pamiętał.
Komisja morska zdołała stosunkowo szybko zorganizować grupę okrętów kaperskich, których kapitanowie otrzymali listy od króla. Komisja i kaprowie były solą w oku Gdańska, który niezależną od miasta działalność floty – bazującej w Gdańsku i Pucku – traktował bardzo wrogo. Kaprowie uniemożliwiali gdańskim żeglarzom dowolne hasanie po morzu, a przede wszystkim stanowili zagrożenie dla handlujących z miastem okrętów obcych państw: Zygmunt August toczył na morzu wojnę ze Szwecją, a po cichu z Danią i statkami wożącymi towary na Ruś. Burmistrzowie Konstantyn Ferber i Georg Kleefeld oraz jeden z rajców, Albrecht Giese, skupili wokół siebie antykrólewską opozycję. Marzyli o jakiejkolwiek możliwości pozbycia się z miasta królewskich żeglarzy.
W nocy z 17 na 18 czerwca 1568 r. wreszcie się doczekali. Jeden z okrętów królewskich stał już od pewnego czasu w porcie. Jego kwatermistrz, któremu opłacało się kupować żywność dla załogi po jak najniższej cenie – co zaoszczędził, to dyskretnie kradł – ruszył nocą na czele sześciu marynarzy po spyżę do Kaszubów, którzy oczekiwali na łąkach pod Gdańskiem na poranne otwarcie bram miejskich. Chłopi jednak wiedzieli, że grozi im kradzież, bo tego już kwatermistrz wcześniej próbował. Napastnicy zostali przegonieni, zabrali tylko parę drobiazgów. Rozeźlony porażką kwatermistrz zebrał większą gromadę i w trzynastu zbrojnych chłopa urządził zajazd na wozy. Napastnicy poturbowali Kaszubów i okradli ich wozy, zabierając żywność i odzież.
Chłopi pognali do miasta na skargę, a Konstantyn Ferber zwietrzył szansę na pozbycie się kaprów z miasta. Wysłał straże, które przejęły siłą z okrętu jedenastu żeglarzy, uwięzionych już przez dowódcę floty Mateusza Scharpinga. Oskarżył ich czym prędzej o śmiertelne poranienie mężów i niewiast oraz grabież 60 kur, płótna, pieniędzy i innych rzeczy. Kłamstwo było to wierutne. Pieniędzy chłopi jeszcze nie mieli, bo dopiero jechali sprzedać swoje produkty. W zajściu nie zginął nikt. „Śmiertelnie poranionym mężem” miał być niejaki Albrecht Wilkowski, któremu… podbito oko czy też zraniono czoło. Jakaś kobieta miała doznać ran i urazu ramienia. Nigdy jej nie znaleziono, a szukały jej władze Gdańska skwapliwie – a właściwie jej dokumentu zgonu, bo miała rzekomo z ran zemrzeć.
Sprawa nie była gardłowa, ale Ferberowi i gdańszczanom potrzebna była krew. Przez dwa dni, 18 i 19 czerwca, przesłuchiwano w Gdańsku jedenastu zatrzymanych żeglarzy. Dwaj z nich przyznali, że na okręcie żywność mieli, zatem nie cierpieli głodu. Rabunek z niskich pobudek!
Tymczasem 21 czerwca na gdańską redę wpłynęły cztery okręty pod banderą króla. Jeden z nich był uszkodzony i potrzebował szybkiego wejścia do portu. Wówczas to Jost Zander, komendant twierdzy Wisłoujście chroniącej port, polecił otworzyć ogień z armat. Ostrzelane zostały okręty kapitanów Jana Treselera i Marcina Schiele: doznały niegroźnych uszkodzeń i zawróciły w stronę Pucka. Uszkodzony wcześniej okręt też zawrócił, ale trafiony dodatkowo z gdańskich dział zatonął na Zatoce.
Komisja morska zażądała natychmiast aresztowania i ukarania Zandera. Władze miejskie odpowiedziały, że działał on zgodnie z prawem. Komisja zażądała też przekazania aresztowanych kaprów pod sąd królewski, jako wyłączonych spod jurysdykcji sądu gdańskiego. Zapowiedziała, że zostaną oni ukarani. Ale władze Gdańska poszły już na całość. 23 czerwca, dwa dni po ataku Zandera, przeprowadziły błyskawiczny proces jedenastu kaprów. W godzinę po procesie wszystkich uwięzionych stracono. Według niektórych zapisów zostali ścięci, według innych powieszeni, a po śmierci ucięto im głowy. Zostały one zatknięte na palach wbitych w ziemię koło Bramy Wyżynnej, głównej bramy miasta.
Komisja Morska wysłała zaraz skargę do króla. Zygmunt August zareagował, jak na niego, szybko. 24 września powołał kolejną komisję, kierowaną przez biskupa kujawskiego Stanisława Karnkowskiego, której dał proste zadanie: poskromić gdańską samowolę. 29 października komisja Karnkowskiego (w jej skład powołano również Jana Kostkę) podjechała pod Bramę Wyżynną, przy której na palach wciąż tkwiło jedenaście głów. Bramy miasta były jednak zamknięte, a na murach czekali zbrojni mieszczanie.
Komisja zawróciła. Dwa dni później, 1 listopada, do króla dotarła wysłana delegacja Rady Miejskiej Gdańska. Kleofas May i Matthias Radecke mieli wyjaśnić królowi postępowanie Gdańska, powołać się na miejskie prawa, prosić o rozwiązanie komisji Karnkowskiego. Król przyjął delegatów, ale po to, by potraktować ich niezwykle ostro: przegnał ich, odmawiając jakichkolwiek rozmów, nawet gdy padli na kolana. Ale jak zwykle, nie spieszył się.
Dwa miesiące później rozpoczął się sejm walny w Lublinie, ten, na którym podpisano Unię Lubelską. Trwać miał kilka miesięcy i Zygmunt August zabrał się za sprawy gdańskie. O atmosferę zadbał Hiszpan z pochodzenia, Pedro Ruiz de Moros czyli Piotr Roizjusz.1 Rozpowszechnił pisma o zbrodniczych gdańszczanach. Burmistrzowie Konstantyn Ferber, Georg Kleefeld i Johann Proite oraz rajca Albrecht Giese wezwani zostali na sejm i w końcu marca 1569 r. stawili się. Biskup Karnkowski ogłosił zarzuty: ścięcie kaprów, obraza majestatu przez ostrzelanie królewskich okrętów, niewpuszczenie komisji Karnkowskiego, samowolne zaciąganie wojsk, a także przestępstwa finansowe. Wszyscy czterej zostali uwięzieni i mieli przebywać w zamknięciu co najmniej do czasu, aż komisja Karnkowskiego zakończy prace. Król zaś demonstracyjnie nobilitował dowódcę floty kaperskiej Mateusza Scharpinga (odtąd Sierpinka) oraz kapitanów: Michała Figenowa, Jana Treselera, Erazma Gensericha i Michała Starostkę.
W grudniu 1569 r. komisja wjechała do upokorzonego, pozbawionego burmistrzów Gdańska: biskup Karnkowski, znienawidzony w mieście Jan Kostka, kilku innych kasztelanów, opat Kaspar Geschkau, Piotr Roizjusz. Przez trzy zimowe miesiące twardo narzucali pozbawionym przywództwa gdańskim rajcom królewskie warunki. Flota królewska budowana miała być w Elblągu, ale siedzibą główną kaprów miał być Gdańsk i mieli oni być nietykalni dla władz miasta. Port miał obowiązek przyjmować wszystkie królewskie okręty i zdobyte pryzy, a król zachowywał prawo do zakazywania w dowolnym zakresie żeglugi lub handlu. Cło palowe od cumujących statków przechodziło na skarb królewski (Gdańsk odbił to sobie, podnosząc cło na towary). Miasto miało też zapłacić 100 tysięcy złotych grzywny. Jedenaście głów pochowano, kaprowie triumfalnie wkroczyli do Gdańska. Pod koniec marca 1570 r. wszystkie zobowiązania Gdańska spisane zostały w tzw. statutach Karnkowskiego.
Finał rozegrał się na sejmie warszawskim, latem 1570 r. Stanisław Karnkowski w swoim wystąpieniu podsumował sprawę. Sejm zatwierdził statuty, a przedstawiciele władz Gdańska, w tym doprowadzeni z aresztu Ferber, Kleefeld, Proite i Giese, na kolanach błagali króla o przebaczenie. Komendant Wisłoujścia Jost Zander też klęczał przed królem i składał mu przysięgę wierności. Triumf Zygmunta Augusta był całkowity. Zygmunt Stary, wspierając Eberharda Ferbera, niesprawiedliwie pokarał mieszkańców Gdańska. Jego syn zaś upokorzył syna Eberharda – Konstantyna i również ukarał miasto, ale tym razem słuszność była po stronie króla.
Niestety, sukcesu nie wyzyskano, a Zygmunt August, przedwcześnie starzejący się bez następcy, wiedząc, że jego ród wygasa, tracił energię. W 1571 r. nastąpił nagły atak floty duńskiej na Puck. Duńczycy uprowadzili kilkanaście jednostek, zablokowali Gdańsk, przejęli liczne gdańskie statki w Sundzie i zrujnowali flotę kaperską. Jedyny królewski okręt, budowany w Elblągu Smok nie został ukończony i nigdy nie wypłynął na morze, bo budowę przerwała śmierć króla latem 1572 r. Komisja Morska przestała działać, w Szczecinie upadł bank Loitzów, bo Polska nie chciała płacić królewskich długów.2 Dopiero za Stefana Batorego flota polska, dowodzona ponownie przez Mateusza Sierpinka, pojawiła się znowu na morzu.
Sprawa ścięcia jedenastu kaprów gdańskich opisana jest dość dokładnie w archiwach i przez historyków. Była też przywoływana w literaturze, zwłaszcza po II wojnie światowej i powrocie Gdańska do Polski. Janusz Meissner wplótł ją w trylogię Opowieść o korsarzu Janie Martenie, a Franciszek Fenikowski uczynił opisane wydarzenia punktem wyjścia innej trylogii marynistycznej: Kaper z Morskiego Psa, Baszta Trzech Koron, Smok króla Augusta. Ale też trudno się dziwić, bo XVI-wieczny Gdańsk i jego niemieccy mieszczanie, buntujący się ciągle przeciwko polskim królom, byli symbolem wrogiego Polsce germanizmu. Może gdyby nie wydarzenia z lat 1522-26 i krew ofiar gdańskiego tumultu, gdańszczanie nie byliby tak zawzięci na ludzi króla. Ale w okresie, gdy podstawową rozrywką gawiedzi były stosy i inne egzekucje, gwałt odciskał się gwałtem, a śmierć powszedniała. I przecież nie po raz ostatni kroczyła wtedy ulicami.